연구자 부담감 덜어주면서 연구 진행 속도 높일 수 있을 것
(서울=내외방송) 사람이 일일이 판별하지 않아도 스스로 대용량 DNA 데이터를 처리할 수 있는 프로그램이 개발됐다.
UNIST(울산과학기술원)는 "김동혁 에너지화학공학과 교수 연구팀이 딥러닝을 기반으로 하는 염색질 면역 침전 엑소뉴클리아제(이하 ChIP-exo) 피크(목표 단백질과 DNA 결합 부위) 선별 소프트웨어를 개발했다"고 밝혔다.
이 소프트웨어는 'DEep-learning Optimized ChIP-exo peak calling SUite(이하 DEOCSU)'라고 불리며 정렬된 ChIP-exo 데이터를 통해 피크 후보를 먼저 감지한다.
ChIP-exo는 특정 단백질로 회수된 DNA 조각들의 위치를 파악해 유전체의 어느 부위에 결합했는지 확인할 수 있는 실험 방법으로 '엑소뉴클리아제(DNA 구조를 끊어내는 효소)'를 활용한다.
이 방법으로 감지된 각각의 신호를 고해상도 이미지 데이터로 변환한 후 학습된 데이터를 통해 이미지를 작은 단위로 쪼개서 실제 피크를 선별한다.
김동혁 교수는 "이번 DEOCSU 개발을 통해 분석에 대한 연구자의 부담감을 극복함으로써 관련 연구의 진행 속도를 가속화할 수 있을 것"이라고 말했다.
이 연구는 과학기술정보통신부 등의 지원을 받아 수행됐으며, 국제학술지인 '브리핑스 인 바이오인포메틱스(Briefings in Bioinformatics)'에 최근 출판됐다(논문명: Deep-Learning optimized DEOCSU suite provides an iterable pipeline for accurate ChIP-exo peak calling).<끝>
